Анализ за две секунды. Ученые из Иркутска автоматизировали проверку устойчивости штаммов туберкулеза к антибиотикам

Наборы символов и линий Вячеслав Синьков расшифровывает внимательно. Ученый проверяет не только результаты исследования, но и точность работы собственной программы. Она определяет устойчивость штаммов туберкулеза к разным антибиотикам.

"Она определила, сколько мутаций в каждом из фрагментов, которые мы загрузили, и определила какие конкретно гены и регионы в геноме данный фрагмент покрывает, то есть через какие, грубо говоря, места он проходит", — говорит руководитель функциональной группы геномных исследований и биоинформационного анализа НЦ ПЗСРЧ Вячеслав Синьков.

Сейчас в лабораториях анализ инфекции туберкулеза занимает до двух недель. Новая разработка значительно сокращает этот процесс.

"Программа работает на очень высоких скоростях. Так, например она исследовала гигабайты информации всего за две секунды и выдала результат. На этой таблице мы видим, что исследуемый нами штамм туберкулеза полностью сопротивляется антибиотику пиразинамиду. А значит, он для лечения уже не подходит", — говорит корреспондент Даниил Шершень.

Так ученые анализируют устойчивость штамма туберкулеза к десяти разным антибиотикам. И вместе с тем определяют его опасность. Если мутировавшая инфекция сопротивляется самым распространенным лекарствам, то высока вероятность летального исхода. Медики говорят, сейчас такая разработка остро необходима. В Прибайкалье она требуется двум тысячам больных.

"И вот эти программные продукты позволяют в автоматическом режиме интерпретировать результаты определенного вида исследований с точки зрения прогноза лекарственной устойчивости в отношении микобактерии туберкулеза и, следовательно, пациента. Это серьезный очень прорыв, очень приятно, что этим занимаются наши иркутские ученые", — говорит главный врач Иркутской областной клинической туберкулезной больницы Михаил Кощеев.

Международную базу данных используют для корректной работы программы. В прошлом году иркутские ученые расширили ее возможности на три новейших антибиотика.

"Опираясь на этот международный каталог, на этот международный консенсус, мы создаем наш сервер, который призван облегчить работу в будущем врачей фтизиатров. Понятно, что мы только в начале пути, программа уже работает, она выдает результаты, но необходимо провести большую работу с тем, чтобы получить разрешение Минздрава, с тем, чтобы внедрять эту работу", — говорит директор института эпидемиологии и микробиологии ФГБНУ НЦ ПЗСРЧ Олег Огарков.

И в "полевых условиях" программу уже протестировали. Собрали 200 штаммов инфекции на территории Иркутской области и Якутии. И выяснили, что из них два десятка устойчивы к антибиотику бедаквилину. Останавливаться на достигнутом ученые не намерены — планируют расширять функционал своей разработки.